Η Συμφωνία των Πρεσπών αποτέλεσε την αφορμή για να ανέβουν οι τόνοι στην αντιπαράθεση της Κατερίνας Νοτοπούλου και του Γιώργου Ορφανού με φόντο το δημαρχιακό θώκο της Θεσσαλονίκης. 

Αρχικά, ο Γιώργος Ορφανός δήλωσε ότι «Τα τελευταία 25 χρόνια εκατοντάδες ελληνικές επιχειρήσεις δρούσαν και δρουν στη γειτονική περιοχή των Σκοπίων. Άρα οι σχέσεις μας είναι εξαιρετικές και δε μου θυμίζει καμία πυριτιδαποθήκη η όλη η ιστορία. Όμως, ερχόμαστε σήμερα με μία κατάπτυστη συμφωνία, και παραδίνουμε όνομα, γλώσσα, εθνότητα, τα μακεδονικά προϊόντα, οτιδήποτε θα μπορούσε να θεωρηθεί ότι εκφράζει τη δική μας άποψη, το παραδώσαμε. Και δεν πήραμε τίποτα. Η ευθύνη είναι καθαρή. Τα έδωσε ο ΣΥΡΙΖΑ, η κυβέρνησή του, είναι η κ. Νοτοπούλου συνυπεύθυνη στην όλη διαδικασία και σαφώς εκφράζεται υπέρ της συμφωνίας. Η δική μου σκέψη είναι ότι η κ. Νοτοπούλου παρέδωσε ένα κομμάτι της ελληνικής επικράτειας στην έννοια των διμερών σχέσεων στους γείτονες και αυτό είναι βασική της ευθύνη»,

Νοτοπούλου: Ακροδεξιά ρητορική από Ορφανό
Με αφορμή τα παραπάνω η Κατερίνα Νοτοπούλου απάντησε ότι "ο κ. Ορφανός δεν γνωρίζει ή εσκεμμένα ξεχνά την ιστορία των Βαλκανίων στις αρχές αλλά και στο τέλος του 20ου αιώνα. Ξεχνά τον πόλεμο στην Γιουγκοσλαβία, την ανθρωπιστική κρίση, τις εθνοκαθάρσεις και τους χιλιάδες πρόσφυγες που αυτός προκάλεσε. Ο προοδευτικός χώρος έδωσε το δικό του στίγμα υπέρ της ειρηνικής συνύπαρξης των λαών σε όλα τα Βαλκάνια. Η Συμφωνία των Πρεσπών είναι μια στιγμή που αποτυπώνει την αφοσίωση της Ελλάδας στον διάλογο, στην ειρήνη και στον σεβασμό των ανθρωπίνων δικαιωμάτων" και πρόσθεσε ότι "η αναφορά του κ. Ορφανού δε σε "εκχώρηση εθνικού εδάφους" μόνο θυμηδία μπορεί να προκαλέσει. Η ακροδεξιά του ρητορική εκφράζει την αγωνία του να απευθυνθεί στους ψηφοφόρους της Χρυσής Αυγής, η οποία αποκλείστηκε από τις Δημοτικές Εκλογές. Ο εκνευρισμός των δεξιών υποψηφίων δεν κρύβεται όσο πλησιάζει η ώρα της κάλπης. Όσο πλησιάζει η ώρα που ο λαός της Θεσσαλονίκης θα κάνει την προοδευτική επιλογή, στηρίζοντας τη "Θεσσαλονίκη Μαζί". Για να αφήσουμε πίσω τα φαντάσματα και να μετατρέψουμε τη Θεσσαλονίκη σε γέφυρα συνεργασίας των λαών των Βαλκανίων, σε κέντρο της Βαλκανικής συν-ανάπτυξης".