Το παγκόσμιο εμπόριο σόγιας συνιστά μια σημαντική πηγή εκπομπών αερίων θερμοκηπίου για πολλούς λόγους, σύμφωνα με μελέτη του Πανεπιστημίου της Βόννης που δημοσιεύθηκε στο επιστημονικό περιοδικό Global Environmental Change. Οι έρευνες εστίασαν στη βραζιλιάνικη παραγωγή και το εμπόριο σόγιας, εξετάζοντας το κατά πόσο σχετίζονται με την κλιματική αλλαγή. Το πόρισμα είναι αποκαλυπτικό, δείχνοντας πάντως ότι οι επιπτώσεις σε μεγάλο βαθμό καθορίζονται από την τοποθεσία στην οποία καλλιεργείται η σόγια.
Η μετατροπή της φυσικής βλάστησης σε καλλιεργήσιμη γη είναι ίσως η πιο σημαντική αιτία της επιβάρυνσης του κλίματος, καθώς σε αυτή την περίπτωση δεσμεύεται πολύ λιγότερο διοξείδιο του άνθρακα από ό,τι στα παρθένα οικοσυστήματα. Τα αέρια του θερμοκηπίου απελευθερώνονται επίσης κατά τη συγκομιδή σόγιας και την επεξεργασία για την παρασκευή παράγωγων προϊόντων, την επακόλουθη μεταφορά της σε λιμένες εξαγωγής και την αποστολή της μέσω εμπορικών φορτίων.
Μεταξύ 2010 και 2015, η ΕΕ εισήγαγε βραζιλιανική σόγια κυρίως από περιοχές όπου μεγάλες δασικές εκτάσεις είχαν προηγουμένως αποψιλωθεί και μαζί με τμήματα σαβάνας είχαν μετατραπεί σε γεωργική γη. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι εκπομπές διοξειδίου του άνθρακα που προέκυψαν από την εξαγωγή της σόγιας και των παραγώγων της είναι πάνω από 200 φορές υψηλότερες από ό,τι σε άλλες περιοχές.
